藥師如來本願功德經講述
編撰者：自明居士
[2005/03/24-2005/06/28]
序
藥師如來本願經是一本致福消災的要法，曼殊師利法王子以慈悲之力請佛說法，而如來以利物之心來說法，其中藥師佛以十二大願來行法。
以七寶莊嚴之國土彰顯，並能以憶念稱藥師佛名則眾苦可解脫，若能祈請供養則諸願皆能完滿。
至於若有病士求救則改死更生，若王者攘災則能轉禍為福，若能信此經則消百怪之神符，除九橫之妙術矣。
以上為從梵文譯經者對本經之描述，我只是依言而譯。
若以共通性的說法，不管在任何大型的廟寺，必定有三尊一模一樣的佛尊，知道的人都了解，左為西方極樂世界的阿彌陀佛，中為釋迦牟尼佛，右為東方藥師琉璃光如來佛。而大部分認可的說法是，西方為將來前往之處，藥師佛則為成就現有軀體健康之信仰與祁求，而釋迦牟尼佛則為智慧之來源與大導師，尤其在因果關係上的彰顯。
所以，唯有維持現有軀體之康健，才能確保學佛之優勢，才能提得起精神來增進智慧，而修讀藥師如來本願功德經，就有這種功效。
講述開始
以下是我聽聞佛陀所說：一時佛陀遊化諸國到了廣嚴城，安住在樂音樹下，與大比丘眾八千人俱，菩薩摩訶薩有三萬六千，以及國王大臣婆羅門居士，天龍藥叉人非人等等，並有無量大眾恭敬圍繞而準備說法。
此時曼殊室利法王子，藉著佛陀威神德儀從座中而起偏袒一肩右膝著地，向佛陀曲躬合掌秉告佛陀說：世尊，希望您能演說與您相同的諸佛名號及其成就的大願殊勝功德，能讓所有聽聞者業障銷除，此乃是為了利樂像法轉時的所有諸有情眾生的緣故。
此時世尊讚嘆曼殊室利童子所問的，並說，善哉善哉曼殊室利，你以大悲的心勸請我來說諸佛名號及其本願功德，為了拔除諸有情眾生所纏的種種業障，為了利益安樂像法轉時諸有情的緣故，你今天諦聽此極善的思惟，我當為汝來說。
曼殊室利答說：希望您能說，我們等等很高興的聽聞您說。
佛陀說：東方去此過十殑伽沙(距離單位)等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來，應正等覺、明行圓滿、善逝世間解、無上丈夫、調御士、天人師、佛、薄伽梵(也是佛陀的另一種稱呼)。
佛陀告訴曼殊室利：彼佛世尊藥師琉璃光如來，在行菩薩道時發十二大願，能令諸有情眾生所求皆能獲得。
第一大願。願我來世得到阿耨多羅三藐三菩提時，自己身上光明熾然，照曜無量無數無邊世界，並以三十二大丈夫相，八十種隨意好莊嚴其身，並令一切有情如同我一般無異。
第二大願。願我來世得菩提時，身上如琉璃內外透明清徹潔淨毫無瑕穢，光明廣大功德巍巍，身善安住焰網其莊嚴超過於日月，所有幽冥眾生都能接受開曉，隨意所趣作各種事業。
第三大願。願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情眾生皆得無盡，所要用的各種物品，不要讓所有眾生有所缺乏。
第四大願。願我來世得菩提時，假若諸有情眾生有行邪道者，能令他安住餘菩提道中，若是在修行聲聞獨覺乘者，都能以大乘而讓他安立之。
第五大願。願我來世得菩提時，假若有無量無邊有情眾生，於我法中修行梵行，一切都令他們不缺戒具三聚戒，假設有毀犯梵行，聽聞我名號後，能夠得到清淨，不墮惡趣。
第六大願。願我來世得菩提時，假若諸有情眾生，其身軀下劣諸根不完具，不管是醜陋頑愚盲聾瘖啞攣躄背僂白癩癲狂等種種病苦，聽聞我名號後，一切皆得端正黠慧，諸根完具無諸疾苦。
第七大願。願我來世得菩提時。假若諸有情眾生，因為各種疾病逼切無救無歸無醫無藥無親無家貧窮多苦，若我之名號一經過其耳聽聞，則各種疾病悉得消除並身心安樂，其家屬資具都能豐足，乃至於證得無上菩提。
第八大願。願我來世得菩提時，假若有女人，因為生為女人百惡之所逼惱！產生了極大的厭惡希望捨棄女身，若聞我名號後，未來世後一切皆得轉女成男具丈夫相，乃至於證得無上菩提。
第九大願。願我來世得菩提時。能令所有有情眾生，能出離魔網，解脫一切外道纏繞束縛，若墮入種種惡見稠林，都能引導他帶入於正見之中，漸漸令他修習諸菩薩的行止，速證無上正等菩提。
第十大願。願我來世得菩提時。假若諸有情眾生，因為犯法被關，縲縛鞭撻繫閉牢獄或應當處以死刑，或者受各種無量災難凌辱悲愁煎迫，身心受苦，假若聽聞我之名號，以我福德威神力的緣故，皆得解脫一切憂苦。
第十一大願。願我來世得菩提時，假若諸有情眾生，為飢渴所苦惱，為求得食物之緣故，作各種惡業，假若得聞我名號專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，然後以法味，讓他畢竟安樂而建立之。
第十二大願。願我來世得菩提時。假若諸有情眾生，因為貧苦而無衣服，被蚊虻寒熱晝夜所逼而苦惱，假若聽聞我名號專念受持，就能如其所愛好的，即得種種高上美妙的衣服，也能得到一切寶莊嚴具華鬘塗香鼓樂各種器具，隨心所玩都令其滿足。
佛陀告訴曼殊室利。上面所說就是世尊藥師琉璃光如來應正等覺行菩薩道時所發的十二微妙上願。
佛陀又告訴曼殊室利。該世尊藥師琉璃光如來行菩薩道時，所發的大願及該佛土功德莊嚴之事，我若一劫若一劫餘也說不能盡，然而該佛土一向清淨無有女人，也沒有惡趣及苦音聲，該國土以琉璃為地，金繩為界道，城闕宮閣軒窗羅網都是七寶所合成，也如西方極樂世界，其功德莊嚴都沒有差別。在此國土中有二菩薩摩訶薩，第一位名字稱作日光遍照，第二位名字稱作月光遍照，是此國土中無量無數菩薩眾的上首，都能完全持有該世尊藥師琉璃光如來的正法寶藏。所以說曼殊室利，以及所有有信心的善男子善女人等等，應當發願往生該佛的世界。
當時世尊又告訴曼殊師利童子說：曼殊室利啊，若有一些眾生，不了解什麼是善什麼是惡心中只有貪吝，不知道布施及因果報應，愚癡沒有智慧缺少信根，只知道多聚財寶勤勤加以守護，看見乞丐者來其心中就不高興，假設不得以而行佈施時，就好像在割身上的肉一般的深深感到痛惜。又有一些無量慳貪的有情眾生，積集資量錢財，在其自己身上尚且捨不得用，何況能給與父母妻子奴婢使用或來乞食者，這些有情眾生從此命終之後，會往生到餓鬼界或傍生趣。假若由於從前生為人時曾經聽聞藥師琉璃光如來名的緣故，在惡趣中，僅短暫得憶念該如來之名號，就在此憶念時從該處還往生人道中，得宿命擔心惡趣之苦不喜歡享有私欲的快樂，就會好行惠施讚歎佈施者，並一切所有都不會貪惜，慢慢的尚能以頭目手足血肉身體，分施來乞求者，更何況是財物。
佛陀又告訴曼殊室利。假若諸有情眾生，雖然於如來處學習佛法，但是卻是違反規定，有的雖然不違反規定但卻違反儀軌，有的雖然不違反規定儀軌但卻毀棄正見，有的雖然不毀棄正見卻放棄多聞，於佛所說的各種經典深義不能了解。有的雖然多聞但卻增上慢，由於增上慢所以覆蔽其心的緣故，自然而然說是非，嫌棄並毀謗正法而成為魔的伴黨。如此的愚人因為自己認為對的邪見而修行，又讓其無量的門徒的有情大眾墮入大險坑。這些有情眾生，將會於地獄、傍生、鬼趣流轉無有窮盡。假若能聽聞此藥師琉璃光如來佛之名號，便能捨棄惡行修諸善法，不墮入惡趣之中。假設有不能捨棄諸惡行而修行善法而墮入惡趣者，以該如來本願的威力，能令其現在面前而暫聞藥師佛之名號，就能從現有之命終了，重往生於人道之中，並得正見精進能夠很好的調整自己的意志及喜樂，便能捨離家趣而於非家趣的如來佛法中，在受教於佛法中不會有任何的毀犯，因此有正見有多聞，能了解很深的佛理義趣，遠離增上慢而不毀謗正法，不成為魔之伴侶，慢慢的修行各種菩薩行止速得圓滿。
佛陀又告訴曼殊室利，假若諸有情眾生，慳貪嫉妒常自己稱讚自己而毀罵他人，應當墮入三惡道中，於無量千歲受各種劇苦，受完劇苦之後，從該處命終之後會來生到人間，作牛馬駝驢，常常被鞭撻，飢渴逼惱，又常常要負重物隨路而行，或得生為人但生來就下賤，作人的奴婢受他人驅役，永遠都不自在，假若昔為人當中，曾聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，因為此善因的緣故，今天又憶念起來至心歸依，就能以佛神力的緣故而眾苦解脫，諸根聰明有智慧有多聞，永遠會求得正法常常會遇到善知識，永遠斷除魔網打破無明的種子，讓煩惱如河水般的乾枯，解脫一切生老病死憂愁苦惱。
佛陀又告訴曼殊室利。假若諸有情眾生，喜好互相背離、互相爭鬥纏訟互相惱亂不管自己及他人，以身軀、言語、意念作各種惡業，此種種惡業不斷增長，如此反覆發展都是一些壞事不作好事，互相謀害。並祭拜告召山林樹塚等神祁，殺各種諸眾生取其血肉祭祀藥叉羅剎娑等等，並書寫所怨恨的人之名，並製作其形像以惡咒術語而去咒咀他，或以各種媚蠱道咒喚起一些屍鬼，讓這些屍鬼去取其性命或者讓其生病。這些諸有情眾生若曾聽聞此藥師琉璃光如來名號，則這些上述所說的種種惡事都不能加害，一切事情展轉能生起慈心，利益安樂無損惱意及嫌恨心，各各都能歡悅於自己的一切，不相侵凌並互為饒益。
佛陀又告訴曼殊室利。假若有四眾也就是比丘、比丘尼、鄔波索迦、鄔波斯迦，或者是其他淨信的善男子善女人等。若有能受持八分齋戒，或經一年或經過三個月的受持學處，以此善根願生西方極樂世界無量壽佛所，因聽聞正法而心未定者。假若聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時有八位菩薩，乘著神通而來示現其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中自然化生。或有因此而生於天上(即天堂)，雖然生於天堂之中而原本的善根亦不會窮盡，不會再往生到一些惡道之中。假若於天上壽命盡了還會往生在人間，也許會成為轉輪聖王統理四洲，其威德自在能安立無量百千有情眾生於十善道中。或者會往生於剎帝利婆羅門居士等大家之中，有很多的財寶其倉庫滿盈如溢，其人外形相貌端正莊嚴其眷屬具足，其人聰明智慧，其人勇健威猛如大力士。假若是女人得聞世尊藥師如來名號至心受持，於往後未來世中不會成為女身。
八位菩薩：(文殊師利菩薩、觀世音菩薩、得大勢菩薩、無盡意菩薩、寶檀華菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩)
當時曼殊室利童子秉告佛陀說：世尊我應當立誓於有佛像存在時的佛法運轉時，以種種方便的力量，讓所有淨信的善男子善女人等，得聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至於睡中也以藥師佛之名來覺悟其耳。
曼殊室利秉告訴世尊說：假若能於此經受持讀誦，或者為他人他演說開示，或者是自己書寫或教他人書寫，恭敬尊重的以種種花香、塗香、末香、燒香、花鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂而來供養，並以五色綵帶作成容器來裝盛，並掃灑淨處設於高座的安全之處。就在此時，四大天王與他的眷屬及餘無量百千的天眾，都會拜訪他的住所來供養守護。
曼殊室利秉告訴世尊說：假若有此經寶的流行的地方，有能受持以該世尊藥師琉璃光如來本願功德及聽聞此名號，當知道此處無有橫死這樣的狀況，也不會被各種惡鬼神會來奪其精氣，假設已有被奪其精氣者能夠再得回來與原本一樣，得到身心安樂。
佛陀告訴曼殊室利。的確如此，如你所說，曼殊室利啊，假若有淨信善男子善女人等，要供養該世尊藥師琉璃光如來者，應先造立該佛形像，準備清淨的檯座而安置之，散撒種種花，燒種種香，以種種幢幡旗幟莊嚴其安置的處所，七日七夜受持八分齋戒，吃清淨的食物，洗澡沐浴整潔，穿著新的清淨的衣服，應生起無垢濁的心、無怒害的心，對於一切有情眾生，生起利益他們的安樂慈悲喜捨平等之心，從右邊繞著佛像以鼓樂歌曲讚嘆。
再者，應該以該如來本願功德來讀誦此經，思惟其中涵義來演說開示，則隨其心中所樂求的一切皆能順遂，求長壽者得長壽，求富饒者得富饒，求官位者得官位，求男女者得男女。
假若有人忽然於睡中得惡夢，看見各種惡相或者是有怪鳥來聚集，或者於住處有各種百怪出現，此人若以各種神妙的物資器具，恭敬供養該世尊藥師琉璃光如來者，其惡夢惡相各種不吉祥事物，全都能隱沒不能成為禍患。
佛陀告訴曼殊室利，或者是有水、火、刀、毒等危險惡劣的情境，或有獅子、虎狼、熊羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜓、蚊虻等恐怖的事情。假若能至心思憶想念該佛而恭敬供養，則一切恐怖畏難之事皆得到解脫。假若有他國來侵擾或是盜賊反亂，若能憶念恭敬該如來者，也都能獲得解脫。
佛陀又告訴曼殊室利，假若有淨信的善男子善女人等，乃至於盡形不事的其餘天界，如果應當一心歸於佛法僧，來受持各種禁戒，像是五戒、十戒、菩薩四百戒、苾芻二百五十戒、苾芻尼五百戒。若於所受持的此些禁戒當中，或是有毀犯這些戒律，應該恐怖而墮入惡趣當中，假若能專心憶念該佛名號而恭敬供養者，必定不受生於三惡趣當中(地獄、惡鬼、畜生)。或是有女人於快要生產時承受了極大的痛苦，假若能至心稱名禮讚恭敬供養藥師琉璃光如來者，則所有眾苦都能消除，且所生之孩子身分具足，形色端正、看見者都感覺到歡喜，其資質聰明，身體安隱少病，沒有一些非人(如惡鬼等等)來奪其精氣。
當時世尊告訴阿難說：如同我稱揚該佛世尊藥師琉璃光如來的所有功德，因為這是諸佛很深澳的願力及行為很難了解，而這些事情你相信嗎？阿難秉告佛陀說：大德的世尊，我於如來所說的經典完全相信不生疑惑，為何如此呢？因為一切如來的身、語、意業沒有不清淨的。阿難秉告世尊說：就好像日月的轉動一般，諸佛所說的道理也是相同的，阿難秉告世尊：假若有諸眾生因為信根不完備，聽聞此說有關諸佛的廣大宏願及力量，就有一些想法如：為什麼只是念藥師琉璃光如來一佛名號便有那麼大的功德勝利，便因為如此而不相信反而生起誹謗，則該人於歲月中失去了大利樂，有可能墮入諸惡趣中流轉而無窮盡。
佛陀告訴阿難。是所有有情眾生，假若聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，全心全意的受持不生出各種懷疑及困惑，將不可能會墮入惡趣道中。佛陀告訴阿難，此乃是諸佛很深的行願很難去相信了解，你今天能夠相信，應當知道都是如來威神之力所造就。
佛陀告訴阿難，一切聲聞、緣覺及未登地的諸菩薩等等，都不能如實的相信了解，除了一生所繫菩薩。佛陀告訴阿難，人身難得，而能於三寶中信敬尊重也難可得，而能夠聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，則更難得。
佛陀告訴阿難，該藥師琉璃光如來無可計量的種種菩薩行，及無可計量的種種善巧方便，及無可計量的廣大願力，我若一劫或一劫餘而廣為演說，雖然一劫時間可快速盡了，但該佛行願善巧方便卻不會有盡了之時。
當時在大眾中有一菩薩摩訶薩，名字叫做救脫，就從座中而起偏袒右肩，右膝著地曲躬合掌，而向佛陀秉告說：大德世尊，像法轉時，若有諸眾生，為了種種苦患所困厄，如長久生病瘦弱不能飲食，喉嚨及嘴脣乾燥臉貌漆黑，死相現前。其父母親屬朋友了解其病危而圍繞其身旁哭泣，而其自己躺臥在該處，看見閻羅王派遣使者引領其神識來到了閻羅王之前，每個有情眾生都有負責的人稱為(俱生神)，會隨其此生所作所為，或有罪或有福都會書寫而紀錄，會拿給閻羅王定奪，此時該閻羅王會詢問此人，算計其所作所為，並隨其罪福而加以處斷。
此時病人的親屬若了解此事，若能為該人歸依世尊藥師琉璃光如來，然後敦請眾僧來轉讀此經，點燃七層的燈，懸掛五色續命的神幡，或即在該處，他的神識能夠歸回。如果是在夢中明了自見，經過七日或二十一日或三十五日或四十九日，他的神識回來時，就好像從夢中醒來，都能自己回憶起善與不善之業所得的果報，乃因為自己見證因果業報的緣故，將來乃至於自己生命遇難，也不造作各種惡業。所以淨信之善男子善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨自己能力來能恭敬供養。
當時阿難就問救脫菩薩說：善男子，應當如何來恭敬供養該世尊藥師琉璃光如來呢？而所謂的續命幡燈又應該如何製作呢？救脫菩薩說：大德，假若有病人要脫離病痛之苦，應當為此人，七日七夜受持八分齋戒，應該以飲食及各種生活的資具，隨自己的能力來供養苾芻僧，且晝夜六時禮拜供養該世尊藥師琉璃光如來，並且讀誦此經四十九遍，點然四十九具燈，應打造該如來形像七尊，每一尊佛像前各放置七盞燈，每一盞燈其光量應大如車輪，乃至四十九日光明不絕。另應打造五色綵幡長四十九折，應當放生各種雜類眾生等至四十九隻，則可以度過危急命厄的大難，不被各種橫行惡鬼所抓持。
救脫菩薩又告訴阿難：假若剎帝利灌頂王等(國王)，在災難發起時，例如人眾的疾病瘟疫難，或是他國侵逼難，或自己國家的叛逆難，或星宿變怪難，或日月薄蝕難，或非時風雨難，或過時不雨難。該彼剎帝利灌頂王等，當時應該對於一切有情眾生起慈悲心，應該大赦牢犯，依照前面所說供養的方法，供養該世尊藥師琉璃光如來。因為此善根及該如來本願力的緣故，將令其國界即得安隱，風雨順時穀稼成熟，一切有情無病歡樂。在其國土中，沒有一些暴虐的藥叉等神來惱亂有情眾生，一切惡相都即將消失，而剎帝利灌頂王等，其壽命、色力、無病自在等等都能得到增益。
救脫菩薩又告訴阿難：假若有帝王、王后、妃子、主儲君、王子、大臣、輔相、中宮釆女、百官黎庶。若為疾病所苦惱或者是各種厄難，也應製造設立五色神旛及點然燈具續明，並且放生各種生命，散灑各種顏色之花，燒各種名香，則疾病可得痊癒，各種苦難可以解脫。
當時阿難就問救脫菩薩說：善男子，什麼是已盡之命而可增益呢？救脫菩薩說：大德，你難道不曾聽聞如來說有九種橫死嗎？所以才會勸大眾要造立續命幡燈並修習各種福德，因為修福德的緣故，所以在其壽命盡了之前不會經歷這些苦患。
阿難又問救脫菩薩說：什麼是九橫呢？救脫菩薩說：有一些有情眾生，其疾病雖然很輕，然而卻沒有醫藥及醫生來看病，假設有遇到醫生卻不能對症下藥，則其實再不應該死而卻橫死。又有一些人相信世間邪魔外道妖孽之師，狂妄的斷說其禍福而便產生恐怖心驚，造成其心不正，到處卜問，惹來災禍，就會去殺種種眾生來告解啟奏神明，或呼請各種魍魎，請他們能為己乞得福祐，想要益壽延年，而終究不可能得到，其愚癡迷惑信邪倒見，就會令其橫死進入於地獄無有出期，是則名為初橫。
二者橫被王法之所誅戮。
三者畋獵嬉戲，耽婬嗜酒放逸無度，橫為非人(鬼魅魍魎)奪其精氣。
四者橫為火焚。
五者橫為水溺。
六者橫為種種惡獸所噉。
七者橫墮山崖。
八者橫為毒藥、厭禱、咒咀、起屍鬼等之所中害。
九者飢渴所困不得飲食而便橫死。
以上是為如來略說橫死有此九種，其餘更有無可計數各種橫難可來說明。
救脫菩薩又告訴阿難：該閻羅王主管世間人之各種名冊，並紀錄各種是非善惡。假若有諸有情眾生不孝順父母，做各種五逆之罪，破壞戒律侮辱三寶，毀壞君臣之法無信無戒。閻羅王會隨其罪之輕重詳加考察而加以處罰。所以我今奉勸諸有情眾生能夠然燈、造幡敬佛、並放生修福，令大家度過苦厄不遭逢各種危難。當時在大眾之中有十二藥叉大將都在會中安坐。其名有：宮毘羅大將、伐折羅大將、迷企羅大將、安底羅大將、頞你羅大將、珊底羅大將、因達羅大將、波夷羅大將、摩虎羅大將、真達羅大將、招杜羅大將、毘羯羅大將。
此十二藥叉大將，每一位藥叉大將各有七千位藥叉來做為其眷屬，同時發聲稟告佛陀說：世尊，我等今天藉著佛陀的威力，得聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，不會更有惡道的恐怖，我等當互相率領同心協力，乃至盡形歸佛法僧，發誓應當荷負一切有情眾生，為他們作一些有利的、饒益安樂的事。不管在何等村城國邑空閑森林中，假若有流布此經或是受持藥師琉璃光如來名號恭敬供養者，我等及我們之眷屬當衛護此人，皆使他們解脫一切苦難，若有什麼願望所求都令他們得到滿足。假若有什麼疾病危厄要求度脫者，也應讀誦此經，並以五色絲縷或紙縷結我名字，當願望達成後再解結。
當時世尊讚嘆諸藥叉大將說：善哉善哉大藥叉將，你們等等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，應當常常如此利益安樂一切有情眾生。
當時阿難稟告佛陀說：世尊，應當如何將此經命名，而此法門我等應當如何奉持。佛陀告訴阿難：此法門名說藥師琉璃光如來本願功德，也可名說十二神將饒益有情結願神咒，也可名拔除一切業障，應如是奉持。當時佛陀說此語後，諸菩薩摩訶薩及大聲聞，國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉、揵達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽、人、非人等，一切大眾聞佛所說，皆大歡喜信受奉行。
藥師琉璃光如來佛本願經終
編撰者：自明居士 [2005/03/24-2005/06/28]
序
藥師如來本願經是一本致福消災的要法，曼殊師利法王子以慈悲之力請佛說法，而如來以利物之心來說法，其中藥師佛以十二大願來行法。
以七寶莊嚴之國土彰顯，並能以憶念稱藥師佛名則眾苦可解脫，若能祈請供養則諸願皆能完滿。
至於若有病士求救則改死更生，若王者攘災則能轉禍為福，若能信此經則消百怪之神符，除九橫之妙術矣。
以上為從梵文譯經者對本經之描述，我只是依言而譯。
若以共通性的說法，不管在任何大型的廟寺，必定有三尊一模一樣的佛尊，知道的人都了解，左為西方極樂世界的阿彌陀佛，中為釋迦牟尼佛，右為東方藥師琉璃光如來佛。而大部分認可的說法是，西方為將來前往之處，藥師佛則為成就現有軀體健康之信仰與祁求，而釋迦牟尼佛則為智慧之來源與大導師，尤其在因果關係上的彰顯。
所以，唯有維持現有軀體之康健，才能確保學佛之優勢，才能提得起精神來增進智慧，而修讀藥師如來本願功德經，就有這種功效。
講述開始
以下是我聽聞佛陀所說：一時佛陀遊化諸國到了廣嚴城，安住在樂音樹下，與大比丘眾八千人俱，菩薩摩訶薩有三萬六千，以及國王大臣婆羅門居士，天龍藥叉人非人等等，並有無量大眾恭敬圍繞而準備說法。
此時曼殊室利法王子，藉著佛陀威神德儀從座中而起偏袒一肩右膝著地，向佛陀曲躬合掌秉告佛陀說：世尊，希望您能演說與您相同的諸佛名號及其成就的大願殊勝功德，能讓所有聽聞者業障銷除，此乃是為了利樂像法轉時的所有諸有情眾生的緣故。
此時世尊讚嘆曼殊室利童子所問的，並說，善哉善哉曼殊室利，你以大悲的心勸請我來說諸佛名號及其本願功德，為了拔除諸有情眾生所纏的種種業障，為了利益安樂像法轉時諸有情的緣故，你今天諦聽此極善的思惟，我當為汝來說。
曼殊室利答說：希望您能說，我們等等很高興的聽聞您說。
佛陀說：東方去此過十殑伽沙(距離單位)等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來，應正等覺、明行圓滿、善逝世間解、無上丈夫、調御士、天人師、佛、薄伽梵(也是佛陀的另一種稱呼)。
佛陀告訴曼殊室利：彼佛世尊藥師琉璃光如來，在行菩薩道時發十二大願，能令諸有情眾生所求皆能獲得。
第一大願。願我來世得到阿耨多羅三藐三菩提時，自己身上光明熾然，照曜無量無數無邊世界，並以三十二大丈夫相，八十種隨意好莊嚴其身，並令一切有情如同我一般無異。
第二大願。願我來世得菩提時，身上如琉璃內外透明清徹潔淨毫無瑕穢，光明廣大功德巍巍，身善安住焰網其莊嚴超過於日月，所有幽冥眾生都能接受開曉，隨意所趣作各種事業。
第三大願。願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情眾生皆得無盡，所要用的各種物品，不要讓所有眾生有所缺乏。
第四大願。願我來世得菩提時，假若諸有情眾生有行邪道者，能令他安住餘菩提道中，若是在修行聲聞獨覺乘者，都能以大乘而讓他安立之。
第五大願。願我來世得菩提時，假若有無量無邊有情眾生，於我法中修行梵行，一切都令他們不缺戒具三聚戒，假設有毀犯梵行，聽聞我名號後，能夠得到清淨，不墮惡趣。
第六大願。願我來世得菩提時，假若諸有情眾生，其身軀下劣諸根不完具，不管是醜陋頑愚盲聾瘖啞攣躄背僂白癩癲狂等種種病苦，聽聞我名號後，一切皆得端正黠慧，諸根完具無諸疾苦。
第七大願。願我來世得菩提時。假若諸有情眾生，因為各種疾病逼切無救無歸無醫無藥無親無家貧窮多苦，若我之名號一經過其耳聽聞，則各種疾病悉得消除並身心安樂，其家屬資具都能豐足，乃至於證得無上菩提。
第八大願。願我來世得菩提時，假若有女人，因為生為女人百惡之所逼惱！產生了極大的厭惡希望捨棄女身，若聞我名號後，未來世後一切皆得轉女成男具丈夫相，乃至於證得無上菩提。
第九大願。願我來世得菩提時。能令所有有情眾生，能出離魔網，解脫一切外道纏繞束縛，若墮入種種惡見稠林，都能引導他帶入於正見之中，漸漸令他修習諸菩薩的行止，速證無上正等菩提。
第十大願。願我來世得菩提時。假若諸有情眾生，因為犯法被關，縲縛鞭撻繫閉牢獄或應當處以死刑，或者受各種無量災難凌辱悲愁煎迫，身心受苦，假若聽聞我之名號，以我福德威神力的緣故，皆得解脫一切憂苦。
第十一大願。願我來世得菩提時，假若諸有情眾生，為飢渴所苦惱，為求得食物之緣故，作各種惡業，假若得聞我名號專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，然後以法味，讓他畢竟安樂而建立之。
第十二大願。願我來世得菩提時。假若諸有情眾生，因為貧苦而無衣服，被蚊虻寒熱晝夜所逼而苦惱，假若聽聞我名號專念受持，就能如其所愛好的，即得種種高上美妙的衣服，也能得到一切寶莊嚴具華鬘塗香鼓樂各種器具，隨心所玩都令其滿足。
佛陀告訴曼殊室利。上面所說就是世尊藥師琉璃光如來應正等覺行菩薩道時所發的十二微妙上願。
佛陀又告訴曼殊室利。該世尊藥師琉璃光如來行菩薩道時，所發的大願及該佛土功德莊嚴之事，我若一劫若一劫餘也說不能盡，然而該佛土一向清淨無有女人，也沒有惡趣及苦音聲，該國土以琉璃為地，金繩為界道，城闕宮閣軒窗羅網都是七寶所合成，也如西方極樂世界，其功德莊嚴都沒有差別。在此國土中有二菩薩摩訶薩，第一位名字稱作日光遍照，第二位名字稱作月光遍照，是此國土中無量無數菩薩眾的上首，都能完全持有該世尊藥師琉璃光如來的正法寶藏。所以說曼殊室利，以及所有有信心的善男子善女人等等，應當發願往生該佛的世界。
當時世尊又告訴曼殊師利童子說：曼殊室利啊，若有一些眾生，不了解什麼是善什麼是惡心中只有貪吝，不知道布施及因果報應，愚癡沒有智慧缺少信根，只知道多聚財寶勤勤加以守護，看見乞丐者來其心中就不高興，假設不得以而行佈施時，就好像在割身上的肉一般的深深感到痛惜。又有一些無量慳貪的有情眾生，積集資量錢財，在其自己身上尚且捨不得用，何況能給與父母妻子奴婢使用或來乞食者，這些有情眾生從此命終之後，會往生到餓鬼界或傍生趣。假若由於從前生為人時曾經聽聞藥師琉璃光如來名的緣故，在惡趣中，僅短暫得憶念該如來之名號，就在此憶念時從該處還往生人道中，得宿命擔心惡趣之苦不喜歡享有私欲的快樂，就會好行惠施讚歎佈施者，並一切所有都不會貪惜，慢慢的尚能以頭目手足血肉身體，分施來乞求者，更何況是財物。
佛陀又告訴曼殊室利。假若諸有情眾生，雖然於如來處學習佛法，但是卻是違反規定，有的雖然不違反規定但卻違反儀軌，有的雖然不違反規定儀軌但卻毀棄正見，有的雖然不毀棄正見卻放棄多聞，於佛所說的各種經典深義不能了解。有的雖然多聞但卻增上慢，由於增上慢所以覆蔽其心的緣故，自然而然說是非，嫌棄並毀謗正法而成為魔的伴黨。如此的愚人因為自己認為對的邪見而修行，又讓其無量的門徒的有情大眾墮入大險坑。這些有情眾生，將會於地獄、傍生、鬼趣流轉無有窮盡。假若能聽聞此藥師琉璃光如來佛之名號，便能捨棄惡行修諸善法，不墮入惡趣之中。假設有不能捨棄諸惡行而修行善法而墮入惡趣者，以該如來本願的威力，能令其現在面前而暫聞藥師佛之名號，就能從現有之命終了，重往生於人道之中，並得正見精進能夠很好的調整自己的意志及喜樂，便能捨離家趣而於非家趣的如來佛法中，在受教於佛法中不會有任何的毀犯，因此有正見有多聞，能了解很深的佛理義趣，遠離增上慢而不毀謗正法，不成為魔之伴侶，慢慢的修行各種菩薩行止速得圓滿。
佛陀又告訴曼殊室利，假若諸有情眾生，慳貪嫉妒常自己稱讚自己而毀罵他人，應當墮入三惡道中，於無量千歲受各種劇苦，受完劇苦之後，從該處命終之後會來生到人間，作牛馬駝驢，常常被鞭撻，飢渴逼惱，又常常要負重物隨路而行，或得生為人但生來就下賤，作人的奴婢受他人驅役，永遠都不自在，假若昔為人當中，曾聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，因為此善因的緣故，今天又憶念起來至心歸依，就能以佛神力的緣故而眾苦解脫，諸根聰明有智慧有多聞，永遠會求得正法常常會遇到善知識，永遠斷除魔網打破無明的種子，讓煩惱如河水般的乾枯，解脫一切生老病死憂愁苦惱。
佛陀又告訴曼殊室利。假若諸有情眾生，喜好互相背離、互相爭鬥纏訟互相惱亂不管自己及他人，以身軀、言語、意念作各種惡業，此種種惡業不斷增長，如此反覆發展都是一些壞事不作好事，互相謀害。並祭拜告召山林樹塚等神祁，殺各種諸眾生取其血肉祭祀藥叉羅剎娑等等，並書寫所怨恨的人之名，並製作其形像以惡咒術語而去咒咀他，或以各種媚蠱道咒喚起一些屍鬼，讓這些屍鬼去取其性命或者讓其生病。這些諸有情眾生若曾聽聞此藥師琉璃光如來名號，則這些上述所說的種種惡事都不能加害，一切事情展轉能生起慈心，利益安樂無損惱意及嫌恨心，各各都能歡悅於自己的一切，不相侵凌並互為饒益。
佛陀又告訴曼殊室利。假若有四眾也就是比丘、比丘尼、鄔波索迦、鄔波斯迦，或者是其他淨信的善男子善女人等。若有能受持八分齋戒，或經一年或經過三個月的受持學處，以此善根願生西方極樂世界無量壽佛所，因聽聞正法而心未定者。假若聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時有八位菩薩，乘著神通而來示現其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中自然化生。或有因此而生於天上(即天堂)，雖然生於天堂之中而原本的善根亦不會窮盡，不會再往生到一些惡道之中。假若於天上壽命盡了還會往生在人間，也許會成為轉輪聖王統理四洲，其威德自在能安立無量百千有情眾生於十善道中。或者會往生於剎帝利婆羅門居士等大家之中，有很多的財寶其倉庫滿盈如溢，其人外形相貌端正莊嚴其眷屬具足，其人聰明智慧，其人勇健威猛如大力士。假若是女人得聞世尊藥師如來名號至心受持，於往後未來世中不會成為女身。
八位菩薩：(文殊師利菩薩、觀世音菩薩、得大勢菩薩、無盡意菩薩、寶檀華菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩)
當時曼殊室利童子秉告佛陀說：世尊我應當立誓於有佛像存在時的佛法運轉時，以種種方便的力量，讓所有淨信的善男子善女人等，得聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至於睡中也以藥師佛之名來覺悟其耳。
曼殊室利秉告訴世尊說：假若能於此經受持讀誦，或者為他人他演說開示，或者是自己書寫或教他人書寫，恭敬尊重的以種種花香、塗香、末香、燒香、花鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂而來供養，並以五色綵帶作成容器來裝盛，並掃灑淨處設於高座的安全之處。就在此時，四大天王與他的眷屬及餘無量百千的天眾，都會拜訪他的住所來供養守護。
曼殊室利秉告訴世尊說：假若有此經寶的流行的地方，有能受持以該世尊藥師琉璃光如來本願功德及聽聞此名號，當知道此處無有橫死這樣的狀況，也不會被各種惡鬼神會來奪其精氣，假設已有被奪其精氣者能夠再得回來與原本一樣，得到身心安樂。
佛陀告訴曼殊室利。的確如此，如你所說，曼殊室利啊，假若有淨信善男子善女人等，要供養該世尊藥師琉璃光如來者，應先造立該佛形像，準備清淨的檯座而安置之，散撒種種花，燒種種香，以種種幢幡旗幟莊嚴其安置的處所，七日七夜受持八分齋戒，吃清淨的食物，洗澡沐浴整潔，穿著新的清淨的衣服，應生起無垢濁的心、無怒害的心，對於一切有情眾生，生起利益他們的安樂慈悲喜捨平等之心，從右邊繞著佛像以鼓樂歌曲讚嘆。
再者，應該以該如來本願功德來讀誦此經，思惟其中涵義來演說開示，則隨其心中所樂求的一切皆能順遂，求長壽者得長壽，求富饒者得富饒，求官位者得官位，求男女者得男女。
假若有人忽然於睡中得惡夢，看見各種惡相或者是有怪鳥來聚集，或者於住處有各種百怪出現，此人若以各種神妙的物資器具，恭敬供養該世尊藥師琉璃光如來者，其惡夢惡相各種不吉祥事物，全都能隱沒不能成為禍患。
佛陀告訴曼殊室利，或者是有水、火、刀、毒等危險惡劣的情境，或有獅子、虎狼、熊羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜓、蚊虻等恐怖的事情。假若能至心思憶想念該佛而恭敬供養，則一切恐怖畏難之事皆得到解脫。假若有他國來侵擾或是盜賊反亂，若能憶念恭敬該如來者，也都能獲得解脫。
佛陀又告訴曼殊室利，假若有淨信的善男子善女人等，乃至於盡形不事的其餘天界，如果應當一心歸於佛法僧，來受持各種禁戒，像是五戒、十戒、菩薩四百戒、苾芻二百五十戒、苾芻尼五百戒。若於所受持的此些禁戒當中，或是有毀犯這些戒律，應該恐怖而墮入惡趣當中，假若能專心憶念該佛名號而恭敬供養者，必定不受生於三惡趣當中(地獄、惡鬼、畜生)。或是有女人於快要生產時承受了極大的痛苦，假若能至心稱名禮讚恭敬供養藥師琉璃光如來者，則所有眾苦都能消除，且所生之孩子身分具足，形色端正、看見者都感覺到歡喜，其資質聰明，身體安隱少病，沒有一些非人(如惡鬼等等)來奪其精氣。
當時世尊告訴阿難說：如同我稱揚該佛世尊藥師琉璃光如來的所有功德，因為這是諸佛很深澳的願力及行為很難了解，而這些事情你相信嗎？阿難秉告佛陀說：大德的世尊，我於如來所說的經典完全相信不生疑惑，為何如此呢？因為一切如來的身、語、意業沒有不清淨的。阿難秉告世尊說：就好像日月的轉動一般，諸佛所說的道理也是相同的，阿難秉告世尊：假若有諸眾生因為信根不完備，聽聞此說有關諸佛的廣大宏願及力量，就有一些想法如：為什麼只是念藥師琉璃光如來一佛名號便有那麼大的功德勝利，便因為如此而不相信反而生起誹謗，則該人於歲月中失去了大利樂，有可能墮入諸惡趣中流轉而無窮盡。
佛陀告訴阿難。是所有有情眾生，假若聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，全心全意的受持不生出各種懷疑及困惑，將不可能會墮入惡趣道中。佛陀告訴阿難，此乃是諸佛很深的行願很難去相信了解，你今天能夠相信，應當知道都是如來威神之力所造就。
佛陀告訴阿難，一切聲聞、緣覺及未登地的諸菩薩等等，都不能如實的相信了解，除了一生所繫菩薩。佛陀告訴阿難，人身難得，而能於三寶中信敬尊重也難可得，而能夠聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，則更難得。
佛陀告訴阿難，該藥師琉璃光如來無可計量的種種菩薩行，及無可計量的種種善巧方便，及無可計量的廣大願力，我若一劫或一劫餘而廣為演說，雖然一劫時間可快速盡了，但該佛行願善巧方便卻不會有盡了之時。
當時在大眾中有一菩薩摩訶薩，名字叫做救脫，就從座中而起偏袒右肩，右膝著地曲躬合掌，而向佛陀秉告說：大德世尊，像法轉時，若有諸眾生，為了種種苦患所困厄，如長久生病瘦弱不能飲食，喉嚨及嘴脣乾燥臉貌漆黑，死相現前。其父母親屬朋友了解其病危而圍繞其身旁哭泣，而其自己躺臥在該處，看見閻羅王派遣使者引領其神識來到了閻羅王之前，每個有情眾生都有負責的人稱為(俱生神)，會隨其此生所作所為，或有罪或有福都會書寫而紀錄，會拿給閻羅王定奪，此時該閻羅王會詢問此人，算計其所作所為，並隨其罪福而加以處斷。
此時病人的親屬若了解此事，若能為該人歸依世尊藥師琉璃光如來，然後敦請眾僧來轉讀此經，點燃七層的燈，懸掛五色續命的神幡，或即在該處，他的神識能夠歸回。如果是在夢中明了自見，經過七日或二十一日或三十五日或四十九日，他的神識回來時，就好像從夢中醒來，都能自己回憶起善與不善之業所得的果報，乃因為自己見證因果業報的緣故，將來乃至於自己生命遇難，也不造作各種惡業。所以淨信之善男子善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨自己能力來能恭敬供養。
當時阿難就問救脫菩薩說：善男子，應當如何來恭敬供養該世尊藥師琉璃光如來呢？而所謂的續命幡燈又應該如何製作呢？救脫菩薩說：大德，假若有病人要脫離病痛之苦，應當為此人，七日七夜受持八分齋戒，應該以飲食及各種生活的資具，隨自己的能力來供養苾芻僧，且晝夜六時禮拜供養該世尊藥師琉璃光如來，並且讀誦此經四十九遍，點然四十九具燈，應打造該如來形像七尊，每一尊佛像前各放置七盞燈，每一盞燈其光量應大如車輪，乃至四十九日光明不絕。另應打造五色綵幡長四十九折，應當放生各種雜類眾生等至四十九隻，則可以度過危急命厄的大難，不被各種橫行惡鬼所抓持。
救脫菩薩又告訴阿難：假若剎帝利灌頂王等(國王)，在災難發起時，例如人眾的疾病瘟疫難，或是他國侵逼難，或自己國家的叛逆難，或星宿變怪難，或日月薄蝕難，或非時風雨難，或過時不雨難。該彼剎帝利灌頂王等，當時應該對於一切有情眾生起慈悲心，應該大赦牢犯，依照前面所說供養的方法，供養該世尊藥師琉璃光如來。因為此善根及該如來本願力的緣故，將令其國界即得安隱，風雨順時穀稼成熟，一切有情無病歡樂。在其國土中，沒有一些暴虐的藥叉等神來惱亂有情眾生，一切惡相都即將消失，而剎帝利灌頂王等，其壽命、色力、無病自在等等都能得到增益。
救脫菩薩又告訴阿難：假若有帝王、王后、妃子、主儲君、王子、大臣、輔相、中宮釆女、百官黎庶。若為疾病所苦惱或者是各種厄難，也應製造設立五色神旛及點然燈具續明，並且放生各種生命，散灑各種顏色之花，燒各種名香，則疾病可得痊癒，各種苦難可以解脫。
當時阿難就問救脫菩薩說：善男子，什麼是已盡之命而可增益呢？救脫菩薩說：大德，你難道不曾聽聞如來說有九種橫死嗎？所以才會勸大眾要造立續命幡燈並修習各種福德，因為修福德的緣故，所以在其壽命盡了之前不會經歷這些苦患。
阿難又問救脫菩薩說：什麼是九橫呢？救脫菩薩說：有一些有情眾生，其疾病雖然很輕，然而卻沒有醫藥及醫生來看病，假設有遇到醫生卻不能對症下藥，則其實再不應該死而卻橫死。又有一些人相信世間邪魔外道妖孽之師，狂妄的斷說其禍福而便產生恐怖心驚，造成其心不正，到處卜問，惹來災禍，就會去殺種種眾生來告解啟奏神明，或呼請各種魍魎，請他們能為己乞得福祐，想要益壽延年，而終究不可能得到，其愚癡迷惑信邪倒見，就會令其橫死進入於地獄無有出期，是則名為初橫。
二者橫被王法之所誅戮。
三者畋獵嬉戲，耽婬嗜酒放逸無度，橫為非人(鬼魅魍魎)奪其精氣。
四者橫為火焚。
五者橫為水溺。
六者橫為種種惡獸所噉。
七者橫墮山崖。
八者橫為毒藥、厭禱、咒咀、起屍鬼等之所中害。
九者飢渴所困不得飲食而便橫死。
以上是為如來略說橫死有此九種，其餘更有無可計數各種橫難可來說明。
救脫菩薩又告訴阿難：該閻羅王主管世間人之各種名冊，並紀錄各種是非善惡。假若有諸有情眾生不孝順父母，做各種五逆之罪，破壞戒律侮辱三寶，毀壞君臣之法無信無戒。閻羅王會隨其罪之輕重詳加考察而加以處罰。所以我今奉勸諸有情眾生能夠然燈、造幡敬佛、並放生修福，令大家度過苦厄不遭逢各種危難。當時在大眾之中有十二藥叉大將都在會中安坐。其名有：宮毘羅大將、伐折羅大將、迷企羅大將、安底羅大將、頞你羅大將、珊底羅大將、因達羅大將、波夷羅大將、摩虎羅大將、真達羅大將、招杜羅大將、毘羯羅大將。
此十二藥叉大將，每一位藥叉大將各有七千位藥叉來做為其眷屬，同時發聲稟告佛陀說：世尊，我等今天藉著佛陀的威力，得聽聞世尊藥師琉璃光如來名號，不會更有惡道的恐怖，我等當互相率領同心協力，乃至盡形歸佛法僧，發誓應當荷負一切有情眾生，為他們作一些有利的、饒益安樂的事。不管在何等村城國邑空閑森林中，假若有流布此經或是受持藥師琉璃光如來名號恭敬供養者，我等及我們之眷屬當衛護此人，皆使他們解脫一切苦難，若有什麼願望所求都令他們得到滿足。假若有什麼疾病危厄要求度脫者，也應讀誦此經，並以五色絲縷或紙縷結我名字，當願望達成後再解結。
當時世尊讚嘆諸藥叉大將說：善哉善哉大藥叉將，你們等等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，應當常常如此利益安樂一切有情眾生。
當時阿難稟告佛陀說：世尊，應當如何將此經命名，而此法門我等應當如何奉持。佛陀告訴阿難：此法門名說藥師琉璃光如來本願功德，也可名說十二神將饒益有情結願神咒，也可名拔除一切業障，應如是奉持。當時佛陀說此語後，諸菩薩摩訶薩及大聲聞，國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉、揵達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽、人、非人等，一切大眾聞佛所說，皆大歡喜信受奉行。
藥師琉璃光如來佛本願經終
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